Los Riñones producen la médula y controlan los huesos.

El cerebro es el "mar de la médula"
La influencia de los Riñones sobre la Médula deriva también de la Esencia, que es el fundamento orgánico para la producción de Médula. La «Médula» (sui) no se corresponde con la médula ósea de la medicina occidental, sino que, en medicina china, representa una sustancia que sería la matriz común de los huesos, de la médula ósea, del cerebro y de la médula espinal. 
En el capítulo 34 de las Preguntas sencillas se afirma: 

«Los Riñones pertenecen al Agua y generan los huesos. 
Si los Riñones no se encuentran florecientes, 
la Médula no puede ser rellenada».

El capítulo 36 del Eje espiritual dice:

«Los cinco sabores y los líquidos se juntan para producir la grasa; 
esta grasa irriga las cavidades ubicadas dentro de los huesos, 
tonifica el Cerebro y la Médula, y fluye hacia los muslos» 

Este pasaje resulta interesante en tanto que hace referencia a una forma de «grasa» constituida por la comida y la bebida que forma la médula ósea, la médula espinal y el cerebro. Por tanto, la médula ósea, la columna vertebral y el cerebro (todas manifestaciones de la «Médula») son una forma densa y material de Qi, a la cual el Eje espiritual denomina «grasa». Otra parte interesante de este pasaje es que afirma que la Médula fluye hacia los muslos, lo cual parece indicar que los chinos en la antigüedad sabían que los huesos largos contenían médula ósea.

La Esencia de Riñon produce la Médula, que a su vez genera la médula espinal y «rellena» el cerebro. En el capítulo 33 del Eje espiritual dice: 

«El Cerebro es el Mar de la Médula»

Por ello, en medicina china, el cerebro tiene una relación fisiológica con los Riñones. Si la Esencia de Riñon es fuerte, el cerebro estará nutrido, y la memoria, la concentración, el pensamiento y la visión
serán buenos. La medicina china sostiene que «los Riñones son el origen de la destreza y de la inteligencia».

Si el cerebro no es adecuadamente nutrido por la médula, puede haber mala memoria y mala concentración, mareos, pensamiento lento y mala visión. El cerebro y la médula espinal son conocidos también como «Mar de la Médula»

La Médula es asimismo la base para la formación de la médula ósea que nutre los huesos. Por este motivo, los Riñones también gobiernan la médula ósea y los huesos. En el capítulo 17 de las Preguntas sencillas dice:

«Los huesos son el [órgano] Fu de la Médula»

Si la Esencia de Riñón es fuerte, los huesos serán también fuertes y los dientes estarán enraizados. Si la Esencia de Riñón es débil, los huesos serán frágiles y los dientes estarán sueltos. En niños, una Esencia de Riñón débil dará lugar a un desarrollo óseo insuficiente, pectus carinatum, etc. En el capítulo 44 de las Preguntas sencillas dice: 

«Los Riñones controlan la médula ósea... 
si los Riñones  tienen Calor, la columna no estará recta, 
los huesos se marchitaran, la médula declinará»

Con el declive de la Esencia que tiene lugar en la menopausia, la Esencia no nutre la Médula ni los huesos, y estos terminan por marchitarse y por dar paso a una osteoporosis.

La Esencia de Riñon desempeña también un papel en la vitalidad y en el vigor mental. En el capítulo 8 de las Preguntas sencillas se afirma: 

«Los Riñones son el oficial del cual deriva el ingenio»

Esta afirmación implica que los Riñones determinan tanto nuestra fuerza física como nuestra fuerza mental, y establecen asimismo nuestra fuerza de voluntad.